L’ingresso di Filippo Cordova in Massoneria risale al 1860, a Torino, nella storica loggia “Ausonia”, e il 20 gennaio 1862 fu eletto Gran Maestro Aggiunto. Diventò Gran Maestro il 1° marzo successivo rimanendo in carica fino al 6 agosto 1863. Fu eletto per un secondo mandato il 21 giugno 1867, nei locali della Loggia “Egeria” di Napoli”, ma rimase in carica fino al 2 luglio quando si dimise per problemi di salute. Morì il 16 settembre 1868. Nel 1910 ad Aidone, suo paese natale, gli fu intitolata una loggia.